南京科亚公司创立于1993年，成立初期为中外合资企业，投资方包括江苏省科委、澳门东亚实业公司以及化工部化机院南京挤压机械研究所。公司的主要经营产品为SHL - 60积木式同向双螺杆挤出机组，该机组由时任南京挤压机械研究所所长刘光知研制，是一台可替代进口、实现商品化的同向双螺杆挤出机组。此项目于1990年荣获国家科技进步奖，由此开创了国产同向双螺杆挤出机组的先河。
1999年，顺应国内塑料配混业的发展趋势，科亚率先将螺杆转速300rpm的第一代国产机型全面升级为600rpm的第二代同向双螺杆。同年，《人民日报》专题报道科亚为南京有个小巨人。到2003年，科亚已发展成为年产主机350台套、销售额达1.3亿元、利税超千万的龙头企业。
2004 - 2009年，科亚公司与德国科倍隆集团联姻，实现全球范围的强强联合，创办了科倍隆科亚（南京）公司，刘光知先生出任该公司首任CEO。这次合作提升了科亚公司在全球的知名度，在扩大中国市场销售的同时，也为中国企业走向国际市场开辟了发展空间。
2010年11月，在刘光知先生的带领下，南京科亚的技术骨干及行业精英再次创业，创办了南京科亚化工成套装备公司，