杭州市化工研究院作为杭州市科研院所改革试点单位，于2003年完成整体转制。它是我国专注于造纸化学品、石油加工助剂、高分子材料抗静电剂、功能性新材料等领域研发及成果转化的科研院所。同时，它还是国家造纸化学品工程技术研究中心、全国造纸化学品信息站的依托单位，以及中国造纸化学品工业协会理事长单位。此外，研究院建有4个省级研发中心、1个省级重点创新团队和1个省级企业研究院，并编辑出版《造纸化学品》《杭州化工》期刊。
2009年，国家科技部批准依托杭化院组建国家造纸化学品工程技术研究中心，该中心于2014年通过验收并正式命名。2011年，杭化院签约落户青山湖浙江省科技城，项目占地40余亩，建筑面积36980㎡，总投资约3亿元，于2018年竣工启用。
改革以来，杭化院逐步凝练出创新、特色、绿色、转化、共赢五大发展理念。创新不仅强调科技创新，还注重体制、机制、管理等方面的协同创新，核心在于充分调动科技人员的积极性与创造性；特色是指在专业领域持续创新，坚守特色，勇攀高峰，努力达成国内领先、国际先进的目标；绿色要求将绿色化思想贯穿科研开发全流程，从原料、工艺、产品到应用实现全面绿色化，以实现可持续发