南京同仁堂药业有限责任公司历史底蕴深厚，其前身为北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，1929 年于南京开业。1955 年，更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司；1957 年，定名为南京同仁堂制药厂；1998 年，改制组建为南京同仁堂药业有限责任公司。
2000 年，为满足国家行业管理要求，公司投入巨资进行 GMP 改造，引进片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液等剂型的生产线。2002 年 11 月，九个剂型国家 GMP 认证。公司持续荣获国家高新技术企业称号。2018 年，公司在浦口南京生物医药谷建成占地 154 亩的新厂区，生产自动化程度显著提高，产品质量精确可控，加速了企业科技发展，大幅提升了中成药的技术含量。
在传承安宫牛黄丸、牛黄清心丸、大活络丸、石斛夜光丸、乌鸡白凤丸、六味地黄丸等传统名药精粹的同时，企业自主研制、开发了一批特色新产品，如国内原研治疗泌尿系统结石症的口服中成药、荣获国家银质奖的排石颗粒；列为国家中药保护品种、获江苏省高新技术产品称号，用于治疗乳腺小叶增生的乳宁颗粒；针对病毒性感冒的羚羊感冒口服液；专治久嗽不愈的止嗽化痰颗粒；国内原研的抗结核中药制剂优福宁胶